Der Chobe River hat seinen Ursprung im Hochland Angolas, wo er den Namen “Kwando” trägt. Seine lange Reise führt ihn bis zum Caprivi Streifen in Namibia, wo er zum Grenzfluß zwischen Namibia und Botswana wird. Hier ändert sich sein Name in “Linyanti”, bevor er bei Ngoma zum “Chobe” wird.
Wie der Okavango und der Zambezi folgt der Chobe River Verwerfungen, die eine Verlängerung des ostafrikanischen Great Rift Valleys sind. Zusammen führen diese 3 mächtigen Flüsse mehr Wasser als alle anderen Flüsse im Südlichen Afrikas.
Über den sogenannten Selinda Spillway ist der Okavango River mit dem Chobe und Zambezi verbunden. Bei hohem Wasserstand kann so Wasser von dort in den Chobe abfließen. Einer Theorie nach sollen alle 3 Flüsse vor Millionen von Jahren ein einziger großer Strom gewesen sein, der die Kalahari durchfloß, sich mit dem Limpopo River vereinigte und im Indischen Ozean endete. Durch Erdbewegungen sollen die Flüsse zurückgehalten sein und die Linyanti Swampsentstanden.
Der Chobe River fließt an Kasane vorbei in östliche Richtung und vereinigt sich bei Kazungula mit dem Zambezi, bevor beide zusammen die Victorica-Fälle hinabstürzen.