Kavango ist Teil der nördlichen Ausläufer des Kalahari-Beckens, eines auf etwa 1000 m über dem Meeresspiegel liegenden Hochplateaus. So wie der gesamte Norden Namibias hat Kavango eine höhere Niederschlagsmenge, wodurch die Region bedeutend grüner ist als Zentral- und Südnamibia. Die Region wird maßgeblich durch den Fluss Okavango und seine weiten Überschwemmungsgebiete geprägt, in denen vereinzelt Wälder bestehen und auch Landwirtschaft betrieben wird. Der Fluss ist Lebensader für die Region. Er bildet über die gesamte Nordgrenze und eine Länge von rund 400 Kilometer eine natürliche Grenze zwischen Namibia und der Republik Angola.
Im Westen grenzt die Region an das ehemalige Ovamboland (heute Regionen Oshikoto undOhangwena), im Süden an die Region Otjozondjupa, im Südosten an Botswana und im Nordosten an die Region Sambesi. Der Süden Kavangos ist zumeist Steppe oder Savanne und auch wenig besiedelt. Innerhalb Kavangos liegen der Khaudom- und Mangetti-Nationalpark, sowie die westlichen Ausläufer des Bwabwata-Nationalpark (ehemals Mahango-Wildpark).
